Covid-19 : une nouvelle poussée automnale inquiète les experts

Alors que l’automne s’installe doucement sur le territoire français, une nouvelle remontée des cas de Covid-19 inquiète les autorités sanitaires et les citoyens. Depuis une dizaine de jours, les indicateurs montrent une nette augmentation de la circulation du virus, notamment portée par un nouveau variant aux allures de puzzle viral. Si cette vague ne semble pas aussi redoutable que celles des années précédentes, elle rappelle que le SARS-CoV-2 n’a pas disparu et continue d’évoluer, s’adaptant à nos comportements, à notre immunité et à nos saisons. Dans les cabinets de généralistes, les laboratoires d’analyses et les urgences, les professionnels de santé observent cette tendance avec vigilance, tout en appelant à la prudence sans céder à l’alarmisme. Témoignages, analyses scientifiques et recommandations convergent vers une même conclusion : il est temps de se préparer, surtout pour les plus vulnérables.

Que signifie cette nouvelle hausse des cas de Covid-19 en France ?

Depuis mi-septembre, les réseaux de surveillance Sentinelles et Oscour ont enregistré une augmentation de 25 % des cas de Covid-19 par rapport à la semaine précédente. Ce chiffre, bien qu’en apparence élevé, s’inscrit dans un contexte de circulation basse antérieure. Autrement dit, on part d’un socle faible, ce qui amplifie le pourcentage. Pour Élodie Lefebvre, biologiste au laboratoire de virologie de l’hôpital de Dijon, cette remontée n’est pas une surprise. On l’attendait, comme chaque automne, avec la rentrée scolaire, le retour des rassemblements en intérieur et la baisse des gestes barrières . Le réseau Relab, qui fédère l’Institut Pasteur et des biologistes de terrain, confirme cette tendance : le taux de positivité dans les prélèvements nasopharyngés atteint désormais 24,7 %, un chiffre significatif mais encore loin des pics hivernaux observés entre 2020 et 2022.

Les régions de Bourgogne-Franche-Comté et des Pays de la Loire sont actuellement les plus touchées, mais la circulation du virus est généralisée. Ce phénomène coïncide avec une recrudescence des infections respiratoires aiguës, notamment dues aux rhinovirus, responsables du rhume classique. La grippe, quant à elle, reste encore discrète, bien qu’observée de manière sporadique. Cette co-circulation complique le diagnostic clinique et accentue la pression sur les services de santé.

Pourquoi le Covid-19 ne devient-il pas un virus saisonnier comme la grippe ?

Les virologues espéraient que le SARS-CoV-2 finirait par adopter un comportement saisonnier, comme l’influenza. Or, malgré les saisons, il continue de circuler à bas bruit toute l’année, avec des pics irréguliers. L’an dernier, deux vagues marquées ont été observées, l’une en juillet, l’autre en septembre, suivies d’un hiver étonnamment calme. C’est un signe que le virus n’a pas encore trouvé son rythme , explique le professeur Antoine Rivet, épidémiologiste à l’Université de Lyon. Contrairement à la grippe, qui bénéficie d’une immunité collective plus stable, le Covid est soumis à une pression évolutive constante, avec de nouveaux variants qui émergent régulièrement et échappent partiellement à l’immunité acquise.

Cette instabilité rend difficile la planification des campagnes de vaccination. Alors que la grippe suit un schéma prévisible, avec une campagne annuelle en octobre-novembre, le Covid impose une réflexion plus souple. Idéalement, on devrait vacciner fin août ou début septembre , souligne le professeur Rivet. Mais pour des raisons logistiques et de communication, on synchronise avec la grippe. Ce n’est pas optimal, mais c’est plus simple à organiser.

Qu’est-ce que le variant XFG, surnommé Frankenstein ?

Le variant XFG, surnommé Frankenstein par les médias, est une combinaison de plusieurs sous-variants d’Omicron. Ce nom, choisi pour son impact médiatique, n’a pas été attribué par la communauté scientifique, mais il reflète une certaine inquiétude du public face à un virus qui semble se recombiner comme un puzzle. En réalité, ce phénomène, appelé recombinaison, est courant chez les virus à ARN. XFG n’est pas plus virulent que ses prédécesseurs, mais il présente une meilleure capacité à échapper à l’immunité, ce qui explique sa progression rapide.

XFG n’est pas un monstre, c’est une évolution logique du virus , tempère Camille Dubois, virologue à l’Institut Pasteur. Il a accumulé des mutations sur sa protéine Spike, celle qui permet au virus de pénétrer dans les cellules. C’est cette clé moléculaire qui est ciblée par les anticorps. Quand elle change, le virus devient plus difficile à neutraliser.

Le variant est actuellement suivi de près par l’OMS, aux côtés du NB 1.8.1, très présent en Asie au printemps. Aucun des deux n’a provoqué de pic de gravité exceptionnelle, mais leur circulation souligne la nécessité d’un suivi génomique rigoureux.

Pourquoi le variant XFG est-il plus transmissible ?

La transmissibilité accrue de XFG s’explique par ses mutations spécifiques sur la protéine Spike. Ces modifications lui permettent de mieux se fixer aux récepteurs ACE2 des cellules humaines, mais surtout de contourner partiellement les défenses immunitaires, y compris celles induites par la vaccination ou une infection antérieure. C’est un avantage évolutif , précise Camille Dubois. Quand un variant émerge et se propage, c’est qu’il a un avantage compétitif. Ici, c’est l’échappement immunitaire.

À Nantes, Clément Moreau, infirmier en maison de retraite, observe cette transmissibilité au quotidien. On a eu deux cas cette semaine chez des résidents vaccinés. Ils avaient des symptômes légers, mais le virus a circulé rapidement dans un étage. On a dû réactiver les mesures d’isolement. Ce type de situation, bien que moins dramatique qu’en 2020, montre que le risque de transmission reste réel, surtout dans les lieux collectifs.

Quand et pourquoi la vaccination des plus fragiles est-elle recommandée ?

Malgré l’absence de virulence accrue, les autorités sanitaires recommandent vivement la vaccination pour les personnes âgées, les immunodéprimés et celles souffrant de maladies chroniques. La campagne de vaccination contre le Covid-19 débutera le 14 octobre, en même temps que celle contre la grippe. Cette synchronisation vise à simplifier l’organisation, améliorer la couverture vaccinale et renforcer l’adhésion du public.

C’est logique sur le plan logistique, mais ce n’est pas idéal sur le plan sanitaire , regrette le professeur Rivet. En vaccinant début octobre, on protège les gens pour l’hiver, mais on les laisse exposés pendant le pic de septembre. Idéalement, il faudrait avancer la campagne.

Le nouveau vaccin, mis à jour pour cibler les variants circulants, semble bien adapté au XFG. Les essais précliniques sont encourageants , confirme Camille Dubois. Il induit une réponse immunitaire plus large, capable de neutraliser plusieurs lignées du virus.

Pour Gabrielle Blanchard, 78 ans, retraitée à Besançon, la décision est claire. L’an dernier, j’ai attrapé le Covid malgré deux rappels. J’ai été clouée au lit pendant deux semaines. Cette année, je serai là le 14 octobre, même s’il faut attendre.

Quels sont les risques à long terme du Covid, même avec des formes légères ?

Une étude récente de l’Institut Pasteur a révélé que le virus peut persister jusqu’à 80 jours dans le tronc cérébral, même après une infection modérée. Cette persistance serait liée à des troubles neurologiques à long terme, souvent observés dans les cas de Covid long . Les symptômes incluent fatigue chronique, troubles cognitifs, douleurs musculaires et troubles du sommeil.

Ce qu’on découvre, c’est que le virus ne se contente pas de passer. Il peut laisser des traces profondes , alerte Camille Dubois. Même sans forme grave, il peut perturber le fonctionnement des neurones, notamment ceux impliqués dans la régulation du sommeil ou de l’humeur.

Thomas Léger, 42 ans, cadre à Rennes, en fait l’expérience depuis deux ans. J’ai eu un Covid modéré en 2023. Depuis, je suis épuisé. Je dors mal, je perds le fil des conversations. Mon médecin parle de syndrome post-viral. Son témoignage illustre que le risque n’est pas seulement lié à la gravité aiguë, mais aussi aux conséquences durables, souvent sous-estimées.

Conclusion

La remontée actuelle des cas de Covid-19, portée par le variant XFG, n’annonce pas une nouvelle vague catastrophique, mais elle rappelle que le virus est toujours actif et en mutation. La vaccination reste le meilleur levier pour protéger les plus vulnérables, même si son calendrier pourrait être optimisé. La co-circulation avec d’autres virus respiratoires exige une vigilance accrue, tant des professionnels de santé que du grand public. Enfin, les risques de formes longues, même après des infections légères, imposent de ne pas banaliser cette maladie. La prudence, sans panique, doit guider nos comportements cet automne.

A retenir

Le variant XFG est-il plus dangereux que les précédents ?

Non, le variant XFG n’est pas plus virulent, mais il est plus transmissible en raison de mutations qui lui permettent d’échapper partiellement à l’immunité. Il ne provoque pas de formes plus graves, mais sa propagation rapide justifie une attention particulière.

La vaccination contre le Covid est-elle toujours nécessaire ?

Oui, surtout pour les personnes âgées et celles à risque. Le nouveau vaccin est adapté aux variants circulants, y compris XFG. La campagne débute le 14 octobre, en même temps que celle contre la grippe, pour des raisons pratiques.

Le Covid long est-il possible après une forme légère ?

Oui, des études montrent que même les formes modérées peuvent entraîner des séquelles à long terme, notamment neurologiques. Le virus peut persister plusieurs semaines dans certains tissus, perturbant le fonctionnement de l’organisme.

Pourquoi ne pas avancer la campagne de vaccination ?

Techniquement, il serait plus efficace de vacciner fin août ou début septembre pour couvrir le pic automnal. Cependant, la synchronisation avec la campagne grippale facilite l’organisation, améliore la lisibilité pour le public et augmente l’acceptabilité des rappels.

Le Covid deviendra-t-il un virus saisonnier ?

Pas encore. Contrairement à la grippe, le SARS-CoV-2 circule toute l’année avec des pics irréguliers. Son comportement dépend de l’évolution des variants, de l’immunité collective et des comportements humains. Une stabilisation saisonnière est possible à long terme, mais elle n’est pas garantie.